Carlos Pellegrini en sus orígenes se llamó Colonia Los Algarrobos. Según la tradición oral, se debió al nombre de la estancia y a un monte de algarrobos que se encontraban al este del pueblo y eran punto de referencia para las caravanas de inmigrantes que desde San Carlos se dirigían a esta zona o viceversa.
Fue fundada por Agustín Hamilton Johnston, oriundo de Newcastle, Inglaterra, quien en 1875 había comprado tierras a Robert Patton y en 1884 al Banco de Londres y a Fidel Solá.
La traza del pueblo Los Algarrobos fue aprobada el 24 de enero de 1888, fecha que se considera la fundación del pueblo, ya que se desconocen datos de la realización de un acto oficial de fundación.
En 1889 Johnston donó 37,3 hectáreas de sus tierras a la Compañía de Ferrocarril Central Argentino, que iba de Cañada de Gómez a Las Yerbas.
Este hecho cambiaría la fisonomía de la zona, dándole mayor valor a las tierras y transformándose en un polo de atracción para la inmigración europea, porque posibilitó el traslado no sólo de personas, sino también facilitó la entrada y salida de productos de la región.
Fue años después cuando se cambió el nombre de la población en honor al ex presidente argentino.
